As principais indicações são a investigação das causas de zumbidos e perdas auditivas, pois os nervos cranianos e alguns tumores são melhor estudados por esse método. Alterações vasculares, malformações congênitas e labirintites também se beneficiam da ressonância magnética. Os processos inflamatórios do ouvido (otites) são melhor avaliados na tomografia computadorizada.